Хронологически события "Macross Zero" происходят до тех, что показаны в первом сериале, а именно в 2007 году, на фоне глобальной войны человечества. В 1999 году на землю падает огромный инопланетный корабль и люди, наконец, воочию узнают, что они не одни во вселенной. Это событие становится толчком к началу войны между ООН и анти-ООН. Во главе первой стоят, судя по всему, американцы, а вторую возглавляет Россия. Война длится с переменным успехом, пока в действие не вступает новая сила.

Наш главный герой, младший лейтенант Шин Кудо, непосредственный участник боевых действий, а точнее пилот F-14 Tom Cat. Именно его звено принимает на себя первый удар нового оружия - антиООНовских трансформирующихся истребителей. Потерпев неизбежное поражение в неравном бою, он оказывается на острове Майян. Местные жители, которые спасли его, знают легенду о неких "людях-птицах" некогда посетивших землю. Вообще весь основной сюжет завязан на этой легенде.

С этого момента события начинают стремительно развиваться. Грозный противник заставляет ООН поторопиться и немедленно перебросить на Тихий океан новый, ещё не до конца доработанный, истребитель-трансформер VF - Zero (к слову, Zero - лучший японский истребитель Второй Мировой). Хотя это и не решает основной проблемы, а именно нехватки квалифицированных пилотов, но ООН рассчитывает быстро подготовить необходимые кадры и оказать достойное сопротивление новой угрозе. Для обучения пилотов направлен лейтенант Рой Фоккер, который до этого испытывал новую машину и уже достаточно освоил новые методы войны.

Одновременно с этими событиями, силы ООН находят глубоко под водой останки второго инопланетного корабля, которому по предварительному анализу не менее десяти тысяч лет. Это доказывает, что чужие посещали Землю, когда люди были ещё в каменном веке. Для проведения исследований полученного образца посылают старшего антрополога по культуре Ариес Тёрнер. Ей поручено разрешить вопрос о возможном чужом вмешательстве в земную протокультуру...
Режиссёр : Kawamori Shoji
Сценарий : Onogi Hiroshi